司馬庫斯櫸木案發生於2005年9月，因颱風造成通往司馬庫斯的道路土石沖刷，余榮明(Amin)等3人協助搶修道路，發現傾倒路旁的櫸木，3人將櫸木移置路旁。10月7日新竹林管處也發現該櫸木，出動吊車將櫸木樹身部分鋸下載離，因樹根及部分枝幹深埋土石中無法取出，乃噴紅漆並烙鋼印後遺留現場。

余榮明3人經部落會議決議，為環境美化、雕刻、造景之用，供遊客觀賞，於10月14日想搬運風倒櫸木回部落，但到現場時發現樹身已被林管處取走，於是將埋在土石中的樹根及部分枝幹鋸成5支(材積3.68立方公尺，折算價值為79488元)，運回部落，但在途中被橫山派出所警員查獲。

由新竹地院一審判決書來看，司馬庫斯的辯護律師主要是以「風倒的櫸木是廢棄、無主之物」(林管處棄之於路邊)、「搬運的櫸木為倒伏木的殘材」以及「3人以遵從部落會議決定，為環境美化之用，無不法所有意圖」為辯護訴求。然法官以森林法所稱的森林是指林地及其群生竹、木之總稱，森林主產物依國有林林產物處分規則第3條第1款，是指生立、枯損，倒伏之竹木及餘留之根株、殘材而言，也就是說森林主產物不僅是指整株樹木，倒伏在路旁的樹根等都算，且這些樹根依估算價值近8萬元，林管處雖因無法搬運而放置路旁，但已噴紅漆且烙鋼印，並非「廢棄、無主之物」。

至於3人以部落會議決議搬運櫸木，沒有「不法所有意圖」，法官雖引用原住民基本法第20條「政府承認原住民族土地及自然資源權利」，但櫸木發現地點距部落已有12公里，已非原住民單純撿拾枯枝、竹木為一般日常生活運用；此外，法官指原住民基本法第20條第3款「原住民族或原住民所有、使用之土地、海域，其回復、取得、處分、計畫、管理及利用等事項，另以法律定之。」可見原住民族對於土地之使用，雖然應加以高度之尊重，惟仍須依法定之方式、範圍加以運用，非謂全然不受法律之規範。

也就是一審法官主要認定森林是「國有」的，國有林之林務管理機關就其管理之森林內林產物，均具管領權，縱使與生長土地分離的風倒櫸木仍為森林主產物，放置林地現場，尚未搬離，即仍在林務管理機關管領力支配下。

高等法院二審時，司馬庫斯的辯護律師以2003年原民會委託地理學會研究的尖石鄉傳統領域調查成果圖及1929年日據時代竹東郡蕃地地圖，以案發地點經緯座標將之套繪入成果圖，證明櫸木發現地點確是在司馬庫斯的傳統領域。

法官雖承認這點，不過另指森林法第15條第4項「森林位於原住民族傳統領域土地者，原住民族得依其生活慣俗需要，採取森林產物」，是將原住民在國有林區採取「雜草」、「枯枝」、「落葉」等行為合法化，但該案並非僅撿拾、採取「雜草」、「枯枝」、「落葉」等，而係搬運體型巨大且有相當高經濟價值之「竹木」、「枝幹」。

同時依原住民基本法第19條第1項「原住民得在原住民族地區『依法』從事下列非營利行為」，必須「依法」(雖然主管機關農委會及原民法還未制定出法律)，即使是部落會議決議做為環境美化、雕刻、造景之用，以打撈漂流木為例，仍須向管理機關「專案申請」。

上訴到最高法院，相同的事實，司馬庫斯辯護律師辯護的論述及引證也沒有很大的改變，然而最高法院的判決是完全不同，發回高等法院更審。最後2010年高等法院更一審出現大逆轉，判決3人無罪。

首先，更一審法官依2003年原民會委託地理學會研究的尖石鄉傳統領域調查成果圖，承認風倒櫸木位於司馬庫斯部落的「傳統領域」內，其次，依照台灣大學人類學系進行調查研究報告「原住民族傳統習慣之調查、整理及評估納入現行法制第二期委託研究—泰雅族、太魯閣族」一書，以及原住民專家證人的證詞，法官採信傳統泰雅族對於山林資源是不屬於任何個人所有，大家均可採用，泰雅族的慣習上對於山中的資源是採取一種開放的財產態度，採集果實、搬運木料等行為是被允許可自由利用的。

更一審法官對森林法第15條第4項「森林位於原住民族傳統領域土地者，原住民族得依其生活慣俗需要，採取森林產物」，認為是政府承認原住民族土地及自然資源權利，並尊重原住民族之傳統文化及生活慣俗，至於主管機關農委會及原民會至今未制定法律，法官也函文請農委會及原民會「關於原住民族在傳統領域土地，依其生活慣俗需要，採取森林產物時，如何管理？有無明文適用或準用國有林產物處分規則之命令？」

不過兩部會覆文指「迄今尚無執行案例」，因此法官認為原住民族傳統領域土地『依其生活慣俗需要』採取森林產物乙事，依法尚難踐行，亦無明文適用或準用『國有林林產物『處分規則』之命令。」

新竹地院一審及高等法院二審法官認為風倒櫸木不是殘材，具有價值，非原住民單純撿拾枯枝、竹木為一般日常生活運用，且不能以部落會議決議做為「沒有不法所有意圖」的辯解；高院更一審法官有趣的是引用「擴大內需方案」第四條第一項第五款規定「能提升文化生活環境品質」者，屬擴大公共建設投資計畫範圍，指3人將櫸木殘餘部分搬回以美化部落景觀，屬能提升原住民文化生活環境品質，而森林法之立法目的，係為保育森林資源，發揮森林公益及經濟效用，因此「三人之行為，並未破壞森林自然資源，且欲發揮該櫸木之公益及經濟效用」。

至於3人依部落會議決議將櫸木殘餘部分運回部落，作為部落造景美化景觀之用，「主觀上並未具有不法所有之意圖」。