生質能與風能、太陽能一樣，是一種再生能源。是利用生質作物經轉換所獲得的電與熱等可用的能源。

發展生質能的初衷是為了因應國際油價高漲，及減少使用石油產生的溫室氣體，各國大力推動再生能源計劃，尤其以美國和巴西生質能發展最為蓬勃。 然而，在配套措施沒做好以及當初思考不周詳的原因，加上生質能帶來經濟的高速發展，使得生質能的發展出現了種種問題，分述如下。

@糧食變燃料 影響糧食供應及價

以燃料作物為能源產出的原料時，勢必造成食用價格與能源投入價格間競爭搶料的問題發生，導致燃料作物市場價格的增加，這樣的情況現在已經反映在近來高漲的原料玉米與甘蔗糖價格上。因為生質能源的原料，是需要可耕地的農作物，然而現在卻轉為生產燃料，勢必會造成全球糧食價格暴漲。

@灌溉玉米田和甘蔗田大量浪費水資源而且使用大量化肥及農藥

美國過去玉米及黃豆係採輪種，惟在酒精用玉米的強烈需求下，交替耕種的比例已明顯減少，若扭曲交替耕種的自然規律，土壤中的氮含量將無法合宜蓄積，進而增加不必要的氮肥施用量，造成氮肥流失，再者肥料的氮肥殘留之氧化亞氮，亦屬溫室氣體排放源，抵銷生質能源減碳效益。玉米對於水資源需求大量，造成環境耗損 。

@雨林地變農地 破壞原始森林 破壞生物多樣性

世界上伐林最嚴重的國家分別是巴西和印尼。這二個國家同時也是最主要的農作燃料原料生產國。在印尼，種植棕櫚樹以生產農作柴油（生質柴油）是造成森林喪失的主要原因。到了2020年，印尼的棕櫚樹種植面積將擴大三倍到1650萬公頃，這表示將有98%的森林覆蓋將完全喪失 ，當地熱帶雨林的許多物種，如紅毛猩猩的生存受到極大威脅 。

@生質能經濟效率 換算公式有爭議 加上大量砍伐雨林，使得碳排放總量並不減反增

雨林、泥炭地與草原，一旦被開發為農地，轉種生質能植物，就會釋放出植物與土壤儲存的二氧化碳，整體排放量，遠遠超出所取代的化石燃料排放，反而造成更嚴重的暖化威脅。